Uchwała Nr 1655/18 Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego
z dnia 11 września 2018 r.

w sprawie podjęcia decyzji o utrzymaniu w mocy decyzji administracyjnej Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego nr WWRPO/4/W/2018 z dnia 27 marca 2018 r. orzekającej od Beneficjenta – Gminy Pełczyce – zwrot środków otrzymanych w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007 – 2013 na podstawie umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 z dnia 26 lutego 2010 r. na realizację projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie” w kwocie 95 738,52 wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia następnego po dniu dokonania częściowego zwrotu środków, tj. od dnia 30 grudnia 2016 r. do dnia dokonania całkowitej zapłaty należności głównej oraz odsetkami stałymi w wysokości 15 507,48 zł

Na podstawie art. 25 pkt 1, art. 26 ust. 1 pkt 15 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2018 r. poz. 1307 t.j.), art. 207 ust. 1 pkt 3, ust. 2a i ust. 9 pkt 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2017 r., poz. 2077 t.j. ze zm.) w zw. z art. 18 ust. 2 ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz. U. z 2018 r. poz. 280 t.j.), art. 41 ust. 2 pkt 4 i art. 46 ust. 2a ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie województwa (Dz. U. z 2018 r. poz. 913 t.j. ze zm.) oraz art. 138 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeksu postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2017 r. poz. 1257 t.j. ze zm.) w zw. z art. 16 ustawy z dnia 7 kwietnia 2017 r. o zmianie ustawy – Kodeks postępowania administracyjnego oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. 2017 poz. 935)

Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego uchwala, co następuje:

§ 1

1. Podejmuje się decyzję o utrzymaniu w mocy decyzji administracyjnej Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego nr WWRPO/4/W/2018 z dnia 27 marca 2018 r. orzekającej od Beneficjenta – Gminy Pełczyce – zwrot środków otrzymanych w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007 – 2013 na podstawie umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 z dnia 26 lutego 2010 r. na realizację projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie” w kwocie 95 738,52 wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia następnego po dniu dokonania częściowego zwrotu środków, tj. od dnia 30 grudnia 2016 r. do dnia dokonania całkowitej zapłaty należności głównej oraz odsetkami stałymi w wysokości 15 507,48 zł.

2. Decyzja, o której mowa w ust. 1 stanowi załącznik do niniejszej uchwały.

§ 2

Wykonanie uchwały powierza się Marszałkowi Województwa Zachodniopomorskiego.

§ 3

Uchwała wchodzi w życie z dniem podjęcia.

Uzasadnienie

 W dniu 8 lipca 2009 r. w odpowiedzi na ogłoszenie o konkursie nr RPOWZ/4.3/2009/1 (dalej: konkurs) przeprowadzanego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007 – 2013 (dalej: RPO WZ) Gmina Pełczyce złożyła poprawny wniosek o dofinansowanie projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie”.
We wniosku o dofinansowanie wskazano, iż celem projektu jest uporządkowanie gospodarki wodociągowej w północnej części Gminy (pkt  C.6 wniosku o dofinansowanie pn. „Cele projektu i ich zgodność z celami RPO WZ (działania/poddziałania RPO WZ) oraz innymi dokumentami strategicznymi”). Ponadto Gmina Pełczyce oświadczyła, iż nie może odzyskać w żaden sposób poniesionego kosztu podatku VAT, który został uznany za wydatek kwalfikowalny w projekcie. Jednocześnie Gmina zobowiązała się do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004 r. (stan prawny obowiązujący na dzień złożenia wniosku o dofinansowanie: Dz. U. z 2004 r. nr 54 poz. 535 ze zm., dalej: uptu) (pkt H.11. pn. „Deklaracja wnioskodawcy”).
W dniu 26 lutego 2010 r. Gmina zawarła z Województwem Zachodniopomorskim reprezentowanym przez Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego pełniącym na podstawie art. 25 pkt 1 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2017 r. poz. 1376 t.j. ze zm., zwana dalej uzppr) rolę Instytucji Zarządzającej Regionalnym Programem Operacyjnym Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007 – 2013 (zwana dalej IZ RPO WZ) umowę o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 na realizację Projektu Oś Priorytetowa 4 „Infrastruktura ochrony środowiska”, działanie 4.3 „Zaopatrzenie w wodę i oczyszczenie ścieków” (dalej: umowa).
W ramach przedmiotowej umowy określono szczegółowe zasady dofinansowania projektu oraz prawa i obowiązki Beneficjenta z tym związane. IZ RPO WZ, zgodnie z zapisami umowy, zobowiązała się do dofinansowania części wydatków kwalifikowalnych poniesionych na realizację projektu na podstawie zweryfikowanego przez IZ RPO WZ poprawnego wniosku o płatność. Natomiast Beneficjent, w § 4 ust. 4 umowy o dofinansowanie, zobowiązał się realizować projekt z należytą starannością, w szczególności ponosząc wydatki celowo, rzetelnie, racjonalnie i oszczędnie, zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa i procedurami w ramach programu oraz w sposób, który zapewni prawidłową i terminową realizację projektu oraz osiągnięcie celów (produktów i rezultatów) zakładanych we wniosku o dofinansowanie.
Z uwagi na fakt, iż Beneficjent, wykazał we wniosku o dofinansowanie, że podatek VAT jest wydatkiem kwalifikowalnym, podpisując umowę o dofinansowanie zobowiązał się do składania IZ RPO WZ raz na rok kalendarzowy oświadczenia o kwalifikowalności podatku od towarów i usług w ramach realizowanego projektu, zgodnie ze wzorem i wymaganiami określonymi przez IZ RPO WZ. Dodatkowo, Beneficjent zobowiązał się także do składania do IZ RPO WZ aktualizacji ww. oświadczenia w terminie do dnia 31 grudnia każdego roku przez okres od dnia zawarcia umowy do 5 lat od zakończenia realizacji projektu (§ 4 ust. 5 umowy o dofinansowanie).
Wskazać należy, iż w dacie składania wniosku o dofinansowanie oraz w trakcie trwania projektu, wśród organów wydających interpretacje przepisów prawa podatkowego w imieniu Ministra Finansów powszechne było stanowisko, zgodnie z którym gminom nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego od wydatków ponoszonych na inwestycje wykorzystywane przez ich jednostki budżetowe lub zakłady budżetowe, z uwagi na odrębność podatkową VAT gmin i jej jednostek organizacyjnych. Powyższa interpretacja znajdowała również potwierdzenie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. Niemniej jednak stanowisko, to zostało zakwestionowane przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z dnia 29 września 2015 r. w sprawie gminy Wrocław (sygn. akt C-276-14) oraz uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego (dalej: NSA) z dnia 26 października 2015 r. (sygn. akt I FPS 4/15), w których stwierdzono, że to gmina, a nie jej jednostki budżetowe i zakłady, może być podatnikiem podatku VAT.
Mając na uwadze powyższą zmianę, IZ RPO WZ pismem z dnia 24 lutego 2016 r. zobowiązała Beneficjenta do przedstawienia stosownych informacji w przedmiotowym zakresie poprzez wypełnienie zestawienia dotyczącego podatku VAT w projekcie.
W odpowiedzi na powyższe pismo Beneficjent wskazał, iż zgodnie z umową trwałość projektu upłynęła z dniem 26 stycznia 2016 r., a tym samym nie może się odnieść do kwestii związanych z przedmiotowym projektem.
W związku ze stanowiskiem Beneficjenta, IZ RPO WZ pismem z dnia 24 marca 2016 r. wyjaśniła, iż zrefundowanie kosztów podatku VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszy Spójności, a następnie odzyskanie tego podatku ze środków budżetu państwa uznawane jest za podwójne finansowanie. Ponadto wskazano, iż okres trwałości projektu odnosi się przede wszystkim do kwestii związanych z realizacją i utrzymaniem wskaźników dla niego określonych, w tym z zakazem dokonywania znaczącej jego modyfikacji. Tym samym Beneficjent został ponownie wezwany do dostarczenia zestawienia w zakresie podatku VAT dotyczącego projektu.
Po wymianie licznej korespondencji między Gminą a IZ RPO WZ wymieniona jednostka samorządu pismem z dnia 29 sierpnia 2016 r. poinformowała, iż w ramach toczącego się postępowania podatkowego za poszczególne okresy 2010 r. w dniu 4 marca 2016 r. otrzymała z Urzędu Skarbowego w Choszcznie zwrot podatku VAT obejmujący również omawiany podatek dotyczący Projektu w wysokości 686 862,21 zł. Odpowiadając na powyższą informację IZ RPO WZ pismem z dnia 13 września 2016 r. wskazała, iż kwota dofinasowania podatku VAT ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (zwany dalej EFRR) wyniosła 688 262,61 zł, a zatem z uwagi na fakt, iż kwota odzyskanego podatku VAT wynosi 686 862,21 zł zwrócono się do Beneficjenta z prośbą o przedłożenie zestawienia zawierającego dodatkowe informacje.
Pismem z dnia 9 listopada 2016 r. Gmina potwierdziła ostateczną kwotę odzyskanego podatku VAT, przesyłając jednocześnie wymagane informacje dodatkowe. IZ RPO WZ dokonała analizy przedstawionych informacji pismem z dnia 15 grudnia 2016 r. poinformowała Beneficjenta, iż błędnie uwzględnił w nim wartość całego podatku VAT nie zaś wartość podatku faktycznie zakwalifikowanego do dofinansowania. Z uwagi na powyższe zwrócono się z prośbą o dokonanie stosownych korekt. Jednocześnie poinformowano, iż zgodnie z art. 18 ust. 2 ustawy dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz. U. z 2018 r. poz. 280 t.j., dalej: uozrp) środki przeznaczone na realizację projektów podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, do dnia dokonania ich zwrotu. Ze względu na treść przywołanej normy prawnej IZ RPO WZ zobowiązała Gminę do przekazania informacji odnośnie daty złożenia korekty deklaracji podatkowej wraz z kopią dokumentu stanowiącą jej potwierdzenie.
W odpowiedzi na powyższe Gmina Pełczyce pismem z dnia 27 grudnia 2016 r. wskazała, iż złożone przez wymienioną korekty deklaracji podatkowych nie wywołują skutków prawnych, nadmieniając przy tym, iż poprzez użyte w art. 18 uozrp sformułowanie „dzień obniżenia kwoty podatku należnego” należy w przedmiotowej sprawie rozumieć dzień wydania ostatecznej decyzji przez organ podatkowy, a to w związku z wciąż toczącym się podatkowym postępowaniem odwoławczym. Jednocześnie Gmina przesłała poprawione zestawienie faktur objętych dofinansowaniem, o które wnosiła IZ RPO WZ. Następnie w dniu 29 grudnia 2016 r. Beneficjent zwrócił na rachunek bankowy IZ RPO WZ kwotę w wysokości 686 816,48 zł tytułem zwrotu odzyskanego podatku VAT.
Ostatecznie – po rozpatrzeniu stanowiska Beneficjenta – IZ RPO WZ w piśmie z dnia 6 kwietnia 2017 r. uznała, iż dniem obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest dzień złożenia deklaracji podatkowej. Jednocześnie, w związku z faktem ustalenia przez IZ RPO WZ – w wyniku zwrócenia się do Urzędu Skarbowego w Choszcznie – że deklaracje podatkowe wpłynęły do organu podatkowego w dniu 22 grudnia 2014 r. Beneficjent został poinformowany, że ww. dzień jest dniem rozpoczęcia biegu terminu naliczania odsetek od środków podlegających zwrotowi na skutek dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowych ze środków przeznaczonych na realizację projektu.
IZ RPO WZ mając na uwadze częściowy zwrot dofinansowania podatku VAT dokonany przez Beneficjenta w dniu 29 grudnia 2016 r. w wysokości 686 816,48 zł dokonała rozliczenia wskazanej kwoty, na podstawie art. 55 § 2 w zw. z 62 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613 t.j. ze zm., dalej: op), na należność główną w kwocie 591 077,96 zł oraz odsetki jak dla zaległości podatkowych w kwocie 95 738,52 zł. Jednocześnie Beneficjent został wezwany na podstawie art. 207 ust. 8 w zw. z art. 207 ust 1 pkt 3 ufp do zwrotu pozostałej części środków, tj. kwoty w wysokości 95 738,52 zł wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia 30 grudnia 2016 r. (dzień po dokonaniu częściowego zwrotu środków) do dnia dokonania całkowitej zapłaty należności głównej oraz kwoty odsetek stałych w wysokości 15 507,48 zł w terminie 14 dni od doręczenia wezwania.
Z uwagi na bezskuteczny upływ terminu wskazanego w wezwaniu z dnia 6 kwietnia 2017 r.
IZ RPO WZ zawiadomieniem z dnia 26 kwietnia 2017 r. wszczęła z urzędu wobec Gminy postępowanie administracyjne w przedmiocie zwrotu części środków przyznanych w ramach umowy o dofinansowanie.
Po przeprowadzeniu postępowania administracyjnego Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego w dniu 12 lutego 2018 r. podjął decyzję administracyjną nr WWRPO/4/W/2018 z dnia 27 marca 2018 r. orzekającą zwrot środków otrzymanych w ramach RPO WZ na podstawie umowy o dofinansowanie w kwocie 95 738,52 zł wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia następnego po dniu dokonania częściowego zwrotu środków, tj. od dnia 30 grudnia 2016 r. do dnia dokonania całkowitej zapłaty należności głównej oraz odsetkami stałymi w wysokości 15 507,48 zł.
Beneficjent korzystając ze swojego uprawnienia, pismem z dnia 17 kwietnia 2018 r. wniósł o ponowne rozpatrzenie sprawy zakończonej wydaniem ww. decyzji. Decyzji administracyjnej nr WWRPO/4/W/2018 Beneficjent zarzucił, iż została wydana w oparciu o błędną interpretację art. 18 uozrp, polegającą na uznaniu, iż dniem obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest dzień złożenia przez Gminę Pełczyce korekty deklaracji podatkowej. Beneficjent wskazał przy tym, iż złożenie przez niego deklaracji podatkowych nie wywołało skutków prawnych. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Choszcznie zgodnie z art. 165 op wszczął bowiem postępowanie podatkowe z urzędu, kończąc tym samym fazę samoobliczenia realizowanego przez Beneficjenta na gruncie podatku od towaru i usług. Zgodnie natomiast z art. 207 op organ podatkowy orzeka w sprawie w drodze decyzji, tym samym złożenie korekty deklaracji nie wywołało żadnych skutków prawnych.
Korekty deklaracji – w opinii Beneficjenta – w przeciwieństwie do pierwotnych deklaracji mają charakter jedynie postulatywny i nie kształtują same z siebie (bez ich uprzedniej weryfikacji) wysokości zobowiązania podatkowego bądź kwoty podatku do zwrotu. Tym samym korekty deklaracji, które nie zostały zaakceptowane przez organ podatkowy (który wszczął postępowanie podatkowe), nie wywołują skutku w postaci obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Wskazane przy tym zostało, iż powyższa koncepcja postulatywnego charakteru deklaracji podatkowej znajduje swoje odzwierciedlenie również w doktrynie prawa podatkowego.
Mając na uwadze powyższe, Beneficjent wskazał, iż z uwagi na treść przepisów prawa podatkowego oraz wszczęcia przez organ podatkowy postępowania zakończonego wydaniem decyzji określającej rozliczenia Gminy Pełczyce w zakresie podatku VAT, dniem obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa w art. 18 uozrp jest dzień wydania ostatecznej decyzji organu podatkowego. Beneficjent wskazał, iż w niniejszej sprawie decyzja dotycząca podatku VAT została wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie w dniu 4 stycznia 2017 r.
Tym samym dopiero od tego momentu została określona prawidłowa kwota podatku VAT, a sam Beneficjent od momentu złożenia korekty deklaracji nie otrzymał żadnych płatności z tego tytułu. Kwoty te pozostawały zatem w dyspozycji budżetu państwa.
Konkludując Beneficjent wskazał, iż nie sposób zgodzić się z poglądem IZ RPO WZ jakoby dniem obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest dzień złożenia korekty deklaracji podatkowej. Złożone bowiem korekty deklaracji podatkowych za kolejne miesiące od stycznia do grudnia 2010 r. złożone Naczelnikowi Urzędu Skarbowego w Choszcznie w dniu 22 grudnia 2014 r. nie wywołały skutku prawnego w postaci powstania prawa do zwrotu. Prawo to powstało dopiero w wyniku ostatecznego rozstrzygnięcia administracyjnego, tj. decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie, gdyż to z tym momentem nastąpiło obniżenie podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Tym samym Beneficjent wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji i umorzenie postępowania w sprawie. 
W związku ze złożonym wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy, IZ RPO WZ na nowo przeprowadziła postępowanie wyjaśniające obejmujące całościową ocenę materiału dowodowego zgromadzonego w sprawie (w tym m.in. wniosku o dofinansowanie projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie”, umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 wraz z aneksami, a także wyjaśnień Beneficjenta oraz wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy) oraz pełną analizę stanu faktycznego i prawnego sprawy, co pozwoliło na odniesienie się do niego jak poniżej.
Na wstępie wskazać należy, iż składając wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy Beneficjent nie kontestuje samego obowiązku zwrotu odzyskanego podatku VAT, który był zrefundowany w ramach projektu, a jedynie termin, od którego IZ RPO WZ może naliczać odsetki. Nie mniej jednak w tym miejscu przypomnieć należy regulacje dotyczące kwalifikowalności podatku VAT. Odsetki od zaległości podatkowych nie są bowiem samodzielnym, oderwanym od zaległości podatkowej świadczeniem, a mają charakter akcesoryjny w stosunku do należności głównej. Tym samym powstają jedynie, gdy powstała sama zaległość, natomiast wygaśnięcie zaległości w całości lub części przesądza o wygaśnięciu odsetek za zwłokę w odpowiedniej wysokości. W związku z powyższym analiza podstawy prawnej obowiązku zwrotu podatku VAT, ma bezpośrednie przełożenie na obowiązek zwrotu odsetek.
W analizowanej sprawie Beneficjent pobrał nienależnie cześć środków przekazanych mu na podstawie umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00, a zatem została spełniona przesłanka z art. 207 ust. 1 pkt 3 ufp. Zgodnie bowiem z poglądami formułowanymi w orzecznictwie i literaturze środkami nienależnie pobranymi są środki udzielone bez podstawy prawnej, tj. w obowiązującym systemie prawnym nie ma przepisu lub dyspozycji umowy o dofinansowanie, na podstawie którego Beneficjent pobrał środki. I tak, zgodnie z komentarzem Ludmiły Lipiec-Warzecha do art. 207 ufp (w: Ustawa o finansach publicznych. Komentarz., ABC, 2011), do przykładów nienależnego pobrania należy zaliczyć m.in. refundację kosztów niekwalifikowalnego podatku VAT (tak również wskazuje M. Szymański, w: „Zwrot środków nieprawidłowo wykorzystanych przy realizacji programów Unii Europejskiej. Na podstawie przepisów ustawy o finansach publicznych”, w: Kontrola Państwowa, rocznik LV, nr 2/331, s.15).
Mając na uwadze, iż Gmina Pełczyce podpisując w dniu 26 lutego 2010 r. umowę o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 zobowiązała się do stosowania obowiązujących i aktualnych wzorów dokumentów oraz informacji zamieszczonych w szczególności na stronie internetowej IZ RPO WZ, w tym Wytycznych dla Wnioskodawców ubiegających się o dofinansowanie projektu w ramach RPO WZ – konkursu nr RPOWZ/4.3/2009/1 (dalej: Wytyczne), poradnika dla Beneficjentów z zakresu kwalifikowalności VAT w projektach realizowanych w ramach RPO WZ (dalej: Poradnik Wnioskodawcy), a także innych dokumentów w ramach Programu (§ 9 ust. 2 pkt 3 umowy o dofinansowanie). Mając na uwadze powyższe, Beneficjent zobowiązał się także do przestrzegania zapisów Podręcznika realizacji projektów w ramach RPO WZ 2007 – 2013 (dalej: Podręcznik). Powyższy dokument został przez IZ RPO WZ przygotowany w zgodzie z Krajowymi Wytycznymi Ministerstwa Rozwoju Regionalnego (obecnie Ministerstwa Inwestycji i Rozwoju, dalej: MR) dotyczącymi kwalifikowania wydatków w ramach funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności w okresie programowania 2007-2013 (dalej: Krajowe Wytyczne), w celu zapoznania potencjalnych Beneficjentów z procesem realizacji projektów, a także z możliwościami oraz zasadami korzystania ze wsparcia oferowanego w ramach RPO WZ.
Za wydatki kwalifikowalne według Wytycznych uznać można tylko takie, które spełniają łącznie poniższe kryteria:
a) zostały poniesione w okresie kwalifikowalności wydatków,
b) są zgodne z obowiązującymi przepisami prawa wspólnotowego oraz prawa krajowego,
c) są zgodne z postanowieniami RPO WZ,
d) są zgodne z postanowieniami umowy o dofinansowanie projektu,
e) są niezbędne do realizacji projektu i zostały poniesione w związku z realizacją projektu,
f) zostały dokonane w sposób oszczędny, tzn. w oparciu o zasadę dążenia do uzyskania założonych efektów przy jak najniższej kwocie wydatku,
g) zostały należycie udokumentowane,
h) są zgodne z katalogiem wydatków kwalifikowalnych określonym w Wytycznych.
Niespełnienie zatem którejkolwiek z powyższych przesłanek powoduje, iż dany wydatek nie może zostać uznany przez IZ RPO WZ za kwalifikowalny.
Warto w tym miejscu zaznaczyć, iż kwalifikowalność poniesionych wydatków oceniania jest nie tylko na etapie składania wniosku o dofinansowanie, ale również w trakcie realizacji oraz po zakończeniu projektu, kiedy to Beneficjent przedkłada kolejne wnioski o płatność.
Ponadto zgodnie z wyrokiem NSA z dnia 19 marca 2014 r. (sygn. akt II GSK 182/13) Rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiające przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (dalej: rozporządzenie nr 1083/2006), ma ze swej istoty charakter ogólny. W myśl art. 56 ust. 4 rozporządzenia nr 1083/2006, kwalifikowalność wydatków ustanawia się na poziomie krajowym, z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w rozporządzeniach szczególnych dotyczących poszczególnych funduszy. Takim rozporządzeniem szczególnym, które dotyczy Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (dalej: EFRR) jest rozporządzenie (WE) nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 05 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1783/1999 (Dz. Urz. UE L 210 z dnia 31 lipca 2006 r., dalej: rozporządzenie nr 1080/2006). Zgodnie z ww. rozporządzeniem nie są kwalifikowane do wsparcia z EFRR podatki od towaru i usług (VAT), które podlegają zwrotowi (art. 7 ust. 1 lit. d rozporządzenia nr 1080/2006). Co za tym idzie w ramach Funduszy Strukturalnych i Funduszy Spójności w okresie 2007 – 2013 podatek od towarów i usług może być uznany za wydatek kwalifikowalny jedynie w sytuacji, gdy:
a) został faktycznie poniesiony przez Beneficjenta, oraz
b) Beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku VAT.
Zgodnie z przytoczonym powyżej wyrokiem NSA, w świetle przepisu art. 56 ust. 4 rozporządzenia nr 1083/2006, powyższa reguła kwalifikowalności tego wydatku stanowi wyjątek od zasady ustanawiania kwalifikowalności wydatków na poziomie krajowym i ma charakter wiążący dla Instytucji Zarządzającej.
Mając powyższe na uwadze stwierdzić trzeba, iż podatek VAT jest wydatkiem kwalifikowalnym jedynie wtedy, kiedy został faktycznie poniesiony oraz nie jest możliwy do odzyskania, tj. Beneficjent na gruncie przepisów prawa nie nabędzie uprawnienia do obniżenia podatku należnego – związanego z opodatkowanymi czynnościami w projekcie – o podatek naliczony – związany ze zrefundowanymi w projekcie zakupami towarów i usług oraz środków trwałych. Przy czym nie ulega wątpliwości, iż ww. przesłanki muszą być spełnione łącznie. Zawarty w rozporządzeniu nr 1080/2006 art. 7 ust. 1 wskazuje, jakie wydatki nie mogą być kwalifikowalne na poziomie krajowym do wsparcia w ramach EFRR.
W trakcie sporządzania wniosku o dofinansowanie i planowania realizacji celów RPO WZ wnioskodawcę obowiązuje stan prawny istniejący w momencie aplikowania o uzyskanie dofinansowania. Stan ten natomiast może w przyszłości ulegać zmianie. W związku z tym, w przypadku zmiany wykonywanych czynności ze zwolnionych z podatku na takie, które są opodatkowane uniemożliwia Beneficjentowi uznanie podatku VAT jako koszt kwalifiko¬walny w projekcie. Warunkiem kwalifikowania podatku VAT jest złożenie przez Beneficjenta oświadczenia, w którym deklaruje on, czy w ramach projektu będzie miał możliwość odzyskania podatku VAT poniesionego w związku z wykonaniem projektu. Pierwsze złożenie takiego oświadczenia następuje już na etapie składania wniosku o dofinansowanie projektu. Niemniej jednak z uwagi na fakt, że prawo Beneficjenta do odzyskania podatku VAT poniesionego w związku z realizacją projektu może ulec zmianie w trakcie jego trwania, to Beneficjent, który wykazał we wniosku podatek VAT jako kwalifikowalny jest zobowiązany do przedstawienia aktualizacji oświadczenia dotyczącego kwalifikowalności VAT. Dokument ten należy przedłożyć w terminie do dnia 31 grudnia każdego roku przez okres od dnia zawarcia umowy o dofinansowanie do 3 lub 5 lat od zakończenia realizacji projektu, wskazując na brak możliwości odzyskania podatku VAT naliczonego zarówno na dzień sporządzania oświadczenia, jak również mając na uwadze planowany sposób wykorzystania w przyszłości majątku wytworzonego w związku z realizacją projektu.
Beneficjent składając oświadczenia o braku możliwości odzyskania podatku VAT, ponadto zobowiązuje się do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego podatku VAT jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku zgodnie z uptu. Podkreślić należy, iż taka konstrukcja przedmiotowego oświadczenia wskazuje, iż Beneficjent jest zobligowany do zwrotu podatku VAT w każdym przypadku, jeżeli zaistnieją przedmiotowe przesłanki, niezależnie od tego, czy z uwagi na własne działania, zmianę przepisów czy też zmianę interpretacji istniejącego przepisu. Powyższy mechanizm został wprowadzony, aby zapobiegać możliwości podwójnego finansowania wydatków, do którego dojdzie w sytuacji, kiedy Beneficjent nabędzie prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego i kwalifikowalnego wcześniej w projekcie (jako niemożliwy do odzyskania). Zgodnie z Wytycznymi jak i Krajowymi Wytycznymi, niedozwolone jest zrefundowanie (lub rozliczenie) kosztów podatku VAT ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności, a następnie odzyskanie tego podatku ze środków budżetu państwa w oparciu o uptu (Krajowe Wytyczne, 6.5 Podrozdział 5 – Zakaz podwójnego finansowania, pkt 1 i 2).
Mając na uwadze powyższe nie ulega wątpliwości ciążący na Beneficjencie obowiązek zwrotu odzyskanego przez Beneficjenta podatku VAT, który wcześniej był wydatkiem kwalifikowalnym w projekcie. Powyższe nie było kontestowane na etapie postępowania administracyjnego w przedmiocie zwrotu środków.
Niemniej jednak Beneficjent nie zgadza się terminem, od którego należy liczyć odsetki od kwoty odzyskanego podatku VAT. We wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy wskazał, iż zgodnie z przepisami op samo złożenie korekty deklaracji podatkowej nie wywołuje skutku materialnoprawnego, tj. ani nie zwiększa, ani nie zmniejsza podatku (art. 21 § 2 op). Tym samym złożenie korekty deklaracji traktowane jest raczej jako warunek konieczny, przesłanka nabycia prawa do stwierdzenia nadpłaty podatku, a nie obowiązek podatnika (art. 74 pkt 1 op oraz art. 75 § 3 op). Co za tym idzie Beneficjent stoi na stanowisku, iż dopiero prawomocne i ostateczne zakończenie postępowania podatkowego, tj. wydanie przez Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie w dniu 4 stycznia 2017 r. decyzji,  spowodowało obniżenie podatku VAT, bowiem kwoty podatku do odliczenia zostały określone inaczej niż w pierwotnej deklaracji oraz korekcie deklaracji.
Przenosząc powyższą argumentację na okoliczności niniejszej sprawy, wskazać należy Beneficjent złożył do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Choszcznie w dniu 22 grudnia 2014 r. korektę deklaracji podatkowej. Zgodnie z uzasadnieniem decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie z dnia 4 stycznia 2017 r. w wyniku złożenia ww. korekty deklaracji Naczelnik Urzędu Skarbowego w Choszcznie uznał, iż Beneficjentowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT dokumentujących zakup środków trwałych dotyczących budowy infrastruktury wodnokanalizacyjnej rozliczonego w korektach deklaracji VAT-7 za marzec – grudzień 2010 r., a które zostały złożone w dniu 22 grudnia 2014 r. (strona 18 ww. decyzji). Ponadto z omawianej decyzji wynika, iż postępowanie podatkowe zakończone ww. decyzją zostało wszczęte w wyniku odwołania z dnia 15 lipca 2016 r. od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w Choszcznie z dnia 30 czerwca 2016 r. (znak: 3203-PP/4213/P/3/2015/JP). W przedmiotowym odwołaniu Beneficjent wniósł o uchylenie decyzji w zakresie jakim nie uwzględniła prawa do odliczenia podatku naliczonego na budowanie (poprawę) wizerunku i promocję Gminy Pełczyce, utrzymanie witryn internetowych, wydatków na przekazywane drukowane materiały reklamowe, informacji oraz prezentów małej wartości, jak i faktur dotyczących jednostek budżetowych Gminy (strona 22 – 23).
Mając na uwadze powyższe wskazać należy, iż organ podatkowy uznał korektę deklaracji podatkowej za prawidłową w zakresie nadpłaconego podatku VAT dotyczącego projektu, a następnie w dniu 4 marca 2016 r. wypłacił Beneficjentowi przedmiotowe środki. Natomiast toczące się postępowanie podatkowe przed Dyrektorem Izby Skarbowej w Szczecinie zakończone wydaniem ww. decyzji dotyczyło podatku VAT, który nie był refundowany w ramach projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie”.
W tym miejscu wskazać należy, iż na etapie przed wszczęciem postępowania administracyjnego w przedmiocie zwrotu środków, Beneficjent w piśmie z dnia 9 listopada 2016 r. poinformował IZ RPO WZ o odzyskaniu nadpłaconego podatku VAT związanego z realizowany projektem. Następnie w dniu 29 grudnia 2016 r. przekazał na rachunek bankowy IZ RPO WZ kwotę 686 816,21 zł.
W związku z powyższym stanem faktycznym należy odnieść się do twierdzeń Beneficjenta w zakresie charakteru korekty deklaracji w podatkach. Zgodnie z art. 81 §1 op „jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację”.
Zauważyć trzeba, iż „korekta deklaracji w podatkach powstających z mocy prawa w tym trybie prowadzi co do zasady do zmiany wysokości kwoty powstałego już zobowiązania podatkowego. Korygując deklarację w tych podatkach, podatnik ma prawo do zmniejszenia lub zwiększenia już powstałego zobowiązania ze skutkiem wstecznym” (L. Etel, „Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany”, wyd. LEX 2018). Co za tym idzie „komentowany artykuł nie znajduje zastosowania do podatków powstających poprzez doręczenie decyzji. Podatnicy tych podatków nie mają prawa do skorygowania ich deklaracji, których skutkiem będzie zmiana wysokości zobowiązania podatkowego” (L. Etel, „Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany”, wyd. LEX 2018).
Zgodnie z zasadą ogólną wyrażoną w art. 19a ust. 1 uptu obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towarów (J. Matarewicz, „Ustawa o podatku od towarów i usług. Komentarz aktualizowany”, wyd. LEX 2018). Do jego powstania nie jest wymagana decyzja administracyjna, a jedynie wystąpienie jednej z okoliczności wymienionych w ww. przepisie. Zatem podatek VAT jest zobowiązaniem podatkowych powstającym z mocy prawa, a określenie jego wysokości nie wymaga wydawania decyzji przez stosowny organ podatkowy.
Konkludując powyższe rozważania stwierdzenia wymaga, iż złożona w niniejszej sprawie w dniu 22 grudnia 2014 r. korekta deklaracji podatkowej wywołała skutek prawny w postaci pomniejszenia podatku VAT w dniu jej złożenia. Powyższe wynika z faktu, iż podatek VAT powstaje z mocy prawa, tym samym zgodnie z przepisami op, jego pomniejszenie nie wymaga wydawania decyzji administracyjnej. Powyższe znajduje potwierdzenie w decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie z dnia 4 stycznia 2017 r., z której wynika, iż zakresem decyzji objęty jest podatek niebędący przedmiotem refundowania w ramach przedmiotowego projektu, jak i fakcie, iż Beneficjent odzyskał podatek VAT w dniu 4 marca 2016 r. (pismo Beneficjenta z dnia 29 sierpnia 2016 r.) i zwrócił go na rachunek bankowy IZ RPO WZ w dniu 29 grudnia 2016 r., tj. przed wydaniem ww. decyzji z dnia 4 stycznia 2017 r. po wydaniu, której w opinii Beneficjenta nastąpił skutek prawny odzyskania podatku VAT.
Tym samym IZ RPO WZ nie znajduje podstaw, do uznania okoliczności przywołanych przez Beneficjenta we wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy z dnia 17 stycznia 2018 r. zgodnie, z którymi terminem naliczania odsetek miałaby być data wydania ostatecznej decyzji organu podatkowego.
Przechodząc do terminu, od którego w niniejszej sprawie winny być liczone odsetki przywołać należy art. 18 § 2 uozrp stanowiący, iż „w przypadku, o którym mowa w ust. 1, środki przeznaczone na realizację projektów podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa w ust. 1, do dnia dokonania ich zwrotu”. Zgodnie z uzasadnieniem do rządowego projektu uozrp (druk Sejmowy nr 709) „Proponowane brzmienie tego przepisu w pełni realizuję zasadę proporcjonalności. Samorząd będzie obowiązany do zwrotu środków europejskich w związku ze złożoną korektą deklaracji VAT, jednakże odsetki będą naliczane dopiero od dnia dokonania takiej korekty, tj. dnia złożenia deklaracji korygującej”. 
W związku z powyższym nie budzi wątpliwości fakt, iż prawodawca wprowadzający do sytemu prawnego art. 18 § 2 uozrp miał na celu takie unormowanie okoliczności związanych ze zwrotem środków, które zobowiązywałyby Beneficjenta do zwrotu odzyskanego podatku VAT wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia złożenia korekty deklaracji podatkowej, a nie od innej daty, tj. wydania decyzji organu podatkowego, czy faktycznego zwrotu środków.
W tym miejscu wskazania wymaga, iż przed dniem wprowadzenia ww. regulacji beneficjenci (gminy) realizujący projekty w ramach RPO WZ, którzy odzyskali (bądź uzyskali możliwość odzyskania podatku VAT) zobowiązani byli do zwrotu wypłaconych środków z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia wypłaty środków przez IZ RPO WZ. Tym samym wprowadzona regulacja wprowadziła preferencyjne warunki zwrotu środków, do tych obowiązujących w czasie podpisywania umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00.
Podsumowując powyższe IZ RPO WZ wskazuje, iż dniem, od którego winne być liczone odsetki od odzyskanego w niniejszej sprawie przez Beneficjenta podatku VAT jest dzień 22 grudnia 2014 r., tj. dzień złożenia do Dyrektora Izby Skarbowej w Choszcznie korekty deklaracji podatkowej.
Po przeprowadzeniu postępowania w przedmiocie ponownego rozpatrzenia sprawy IZ RPO WZ na podstawie art. 138 kpa wydaje jedno z trzech rozstrzygnięć:
1) utrzymujące w mocy zaskarżoną decyzję albo
2) uchylające zaskarżoną decyzję, w całości albo w części i w tym zakresie orzekające co do istoty sprawy albo uchylające decyzję – umarzające postępowanie w pierwszej instancji
w całości albo w części, albo
3) umarzające postępowanie odwoławcze.
Mając na uwadze całość dotychczas zgromadzonego materiału dowodowego, w szczególności umowę o dofinansowanie wraz z zawartymi aneksami, wniosek o dofinansowanie, korespondencję z Beneficjentem, jak również wniosek o ponowne rozpoznanie sprawy, IZ RPO WZ nie widzi podstaw do uchylenia zaskarżonej decyzji ani w całości ani w części, w związku z czym utrzymuje w całości w mocy zaskarżoną decyzję nr WWRPO/4/W/2018 z dnia 27 marca 2018 r. orzekającą zwrot środków otrzymanych w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007 – 2013 na podstawie umowy o dofinansowanie nr UDA-RPZP.04.03.00-32-004/09-00 z dnia 26 lutego 2010 r. na realizację projektu pn. „Budowa sieci wodociągowej w miejscowości Przekolno, Bukwica, Boguszyny, Lubiana, Lubianka, przebudowa stacji uzdatniania wody w Przekolnie” w kwocie 95 738,52 wraz z odsetkami określonymi jak dla zaległości podatkowych liczonymi od dnia następnego po dniu dokonania częściowego zwrotu środków, tj. od dnia 30 grudnia 2016 r. do dnia dokonania całkowitej zapłaty należności głównej oraz odsetkami stałymi w wysokości 15 507,48 zł.